以後、愛育病院は産婦人科、小児科、母子保健科、新生児科を中心に、小児外科、皮膚科、内科、麻酔科を設置し、周産期の専門病院として、胎児管理・出産・新生児のケアーフォローアップ・育児支援を特徴とした診療体制を敷き、多くの方々の出産と育児の支援を行ってまいりました。平成11年4月からは東京都より「総合周産期母子医療センター」の指定を受け、新生児のためのNICUと併せて新たにPICU（母胎・胎児集中治療室）を整備し、通常の出産・育児のサポートに加えて、周産期医療の専門病院として中心的な役割を担っています。また、社会福祉法人の病院としても、無料低額診療事業を実施したり、入院助産や養育医療、生活保護、小児慢性疾患等の指定医療機関となっております。